मानव अधिकार निर्देशनालयको स्थापना पूर्व मानव अधिकार तथा मानवीय कानूनको परिपालना संरक्षण, संवर्द्धन र प्रवर्द्धन गरी परिपालना गराउने कार्य सेना प्राड विवाकबाट हुने गर्दथ्यो । संसारकै अभ्यास हेर्दा सैनिक संगठनमा मानव अधिकार निर्देशनालय स्थापना गर्ने सैनिक संगठन नेपाली सेना हो । यसबाट मानव अधिकार तथा मानवीय कानुनको कार्यान्वयनमा नेपाली सेनाको प्रतिवद्धता स्पष्ट हुन्छ । नेपाली सेनामा मिति २०५९/०३/२४ गते श्री कार्यरथी विभाग अन्तरगत रहने गरी मानव अधिकार शाखाको स्थापना भएको थियो । श्री नेपाल सरकार, रक्षा मन्त्रालयको मिति 2063।07।24 गतेको निर्णय अनुसार उक्त शाखालाई “मानव अधिकार महाशाखा” नामाकरण गरिएको थियो । श्री नेपाल सरकार, रक्षा मन्त्रालयको मिति 2063।11।28 गतेको निर्णय अनुसार उक्त महाशाखालाई “मानव अधिकार निर्देशनालय”, पृतनामा भएका प्रशाखाहरुलाई “मानव अधिकार महाशाखा” र बाहिनीमा भएका शाखाहरुलाई “मानव अधिकार शाखा” नामाकरण गरिएको थियो । मानव अधिकार निर्देशनालय मिति २०७२/  गतेबाट श्री बलाध्यक्षको कार्यालय अन्तगत रहेको छ । यस निर्देशनालयले नेपाली सेनामा मानव अधिकार तथा मानवीय कानुनको पालना गर्ने/गराउने र सकलदर्जाहरुलाई प्रशिक्षित गराउँदै आएको छ । मानव अधिकार तथा मानविय कानुन हनन् सम्बन्धी उजुरी उपर अनुसन्धान गरी गरिएका सिफारिस सम्बन्धितमा पठाउने गरेको छ । (नेपाली सेना)